認証局からの商用SSL証明書発行を自動化するには、ACME External Account Binding(EAB)を使うことが一般的です。
認証局とのサブスクリプション契約を結ぶと、クレジットカード引き落としなどで定期支払が発生するのと引き換えに、認証局が公開するACMEサーバへのアクセスが許可されます。そのためのアクセスのキーは、認証局の管理ページから取得するのが一般的です。
弊社では DigiCertからSSL証明書をサブスクリプションで購入しています。詳細な手順は個別の認証局によって異なりますが、似たような流れにはなると思いますので、例を公開します。
例
弊社では DigiCertからSSL証明書をサブスクリプションで購入しています。
DigiCertの管理画面で、*.teppi.netの証明書更新自動化の準備をする操作の実際を紹介します。
証明書更新自動化のためのCredential取得
証明書更新の自動化を開始
ドメイン「*.teppi.net」を選択しての「Renew」ボタンを押すと、証明書更新が始まります。
(1年間有効の証明書をひとつ発行するのではなく、1年間有効のサブスクリプションで、年間8回の証明書発行自動化が可能になります)

自動化コマンドを生成

Use your own ACME client をチェックして、Automate Now をクリック
Otherを選択して、ACME Credentialをダウンロード
Keyがダウンロードされる
ACMEサーバのURLと一緒に、Key identifier、HMAC Key が取得できます。

ここで「Download credentials」でダウンロードされるのは下記の情報(acme-command.txt)
URL to request certificates: https://xxxx.digicert.com/zzzzzzz
Key identifier (KID): 6ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ
HMAC key: MZZzzZZZZZZZZZzzzZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ
上記の情報があれば、WinACMEやcertbotなどのACMEクライアントから、Digicertが用意するACMEサーバにアクセスして新しい証明書を取得するために必要なキー項目がそろったことになります。

